以前はフォロワー管理に「Friend Or Follow」や「ManageFlitter」を使っていたのですが、
知らぬ間に国内のサービスでも似たような便利なサービスがありました。
それが「ついっぷるフレンズ」です。

一方的にフォローしている/されているが簡単に分かるため、リフォローなりアンフォローが一括で行えます。
フォロー/フォロワー数が少ないうちは気にしないと思いますが、フォロー数が2000を超えてくるとそうは言ってられません。
一定のフォロワー数も確保していないと、2000以上はフォローができなくなります。
2000以降はずっとその基準があるため、フォロワーを増やすなりアンフォローするなりしなくてはいけません。

ちなみに筆者はフォロー数4000/フォロワー数4500なのですが、（2011/01/18時点）
4000を超えてくると、上記で上げたサービスが正常に動作しません...
古い情報が取れないのか何なのかは不明です。
ここまでくると新しい方法を模索する必要がありますね。
とりあえず、フォロー/フォロワーが4000前後程度であれば上記のサービスで十分事足りるのでオススメです。